Gen nèf defi yo konsantre sou lè enkòpore probiotik nan materyèl manje. Yo se: 1. seleksyon souch, 2. pwodiksyon souch, 3. ki jan yo inokilate manje, 4. ki jan yo asire siviv pandan pwosesis, 5. ki jan pou fè pou evite pèt nan kapasite pandan depo, 6. ki jan yo kalkile [Probiotik] Koloni, 7. Efè sou pwopriyete sansoryèl manje, 8. [Konsèvasyon pwodwi] estabilite nan kay konsomatè yo, 9. Epi jwe yon wòl nan feyè gastwoentestinal la.
Espesyalman, nan ji, asid òganik souvan pote pH la nan pwodwi ki anba a 4, ki pral anpeche siviv la nan probiotik. Nan seleksyon, sa yo probiotik ki tolere pH ki ba yo ta dwe konsidere, tankou Lactobacillus sou Bifidobacterium.